Berdasarkan Peraturan Gubernur Jawa Tengah Nomor 79 Tahun 2021, Balai Laboratorium Kesehatan dan Pengujian Alat Kesehatan Provinsi Jawa Tengah adalah unit pelaksana tugas teknis di bidang laboratorium dan pengujian alat kesehatan, dipimpin oleh Kepala Balai yang bertanggung jawab kepada Kepala Dinas Kesehatan. Perubahan struktur organisasi terjadi setelah Surat Keputusan Gubernur Jawa Tengah Nomor 821.2/694/2021 tanggal 30 Desember 2021 tentang Pengangkatan Jabatan Pengawas.